Gestió dels paquets

Les diferents funcionalitats estan distribuïdes en paquets. Hi ha uns paquets base estàndards i que s'instal·len sempre al instal·lar el R i d'altres que s'han d'instal·lar posteriorment si es vol utilitzar les seves funcionalitats. Per tant si un te intenció de, p. ex., realitzar anàlisi de la supervivència, ha d'instal·lar el paquet survival, però si no te intenció de realitzar aquest tipus d'anàlisi, no cal malbaratar espai en disc instal·lant-lo.

Per poder-los utilitzar, els paquets s'han de carregar en memòria. Alguns d'ells es carregen sempre al iniciar-se el R. Es pot saber quins son si s'executa l'ordre search(). Els altres paquets s'han de carregar a ma. Si, per exemple, es vol fer una anàlisi de supervivència, primer s'haurà de carregar en memòria el paquet survival amb l'ordre library(survival).

Instal·lar un paquet

En Linux

Si es te connexió a Internet, els paquets es poden instal·lar directament de la xarxa:

Obrir una consola.
Executar com a root el R. Es pot fer de dos formes:

$ sudo R

o be convertint-se primer en usuari administrador amb l'ordre su i executar el R:

$ su

# R

Un cop dintre del R executant-se des del usuari administrador, per instal·lar, per exemple, el paquet Rcmdr executar:

install.packages("Rcmdr", dependencies=TRUE, repos = "http://cran.r-project.org")

Hi han algunes distribucions linux (p. ex., Debian o Ubuntu) que tenen R-Commnader en el paquet r-cran-rcmdr que es pot instal·lar com un paquet més (amb, p. ex., Synaptic) sense entrar al R.

Mantenir el R actualitzat

Linux

Debian

En Debian és possible tenir en la versió "estable" (la wheezy l'any 2014), el R actualitzat, ja que un grup d'usuaris mantenen un magatzem amb la darrera versió del R per la versió estable de Debian. Es poden trobar tots els detalls a Debian packages.

En definitiva, només cal afegir el magatzem següent:

http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/debian wheezy-cran3/

però tenir en compte que aquest és el magatzem per la versió estable de l'any 2014 (wheezy). Si es fa servir un altre versió de Debian, s'ha d'adaptar el magatzem. També es pot canviar de servidor (cran.univ-lyon1.fr). Aquest magatzem es pot afegir amb el programa Synaptic o directament afegint al fitxer /etc/apt/sources.list les línies:

# R project

deb http://cran.univ-lyon1.fr/bin/linux/debian wheezy-cran3/

El servidor cran.univ-lyon1.fr es pot substituir per qualsevol dels que es troben a:

http://cran.r-project.org/mirrors.html

Actualitzar els paquets instal·lats

Entrar al R com a administrador, tal com s'explicat abans i executar l'ordre:

update.packages(dependencies = TRUE, ask = F, repos = "http://cran.r-project.org")

.

Si es vol que pregunti si ha d'actualitzar o no cada un dels paquets que tenen una actualització, canviar ask = F per ask = TRUE.

Alguna bibliografia introductòria

Introducció a l'anàlisi estadístic de dades clíniques amb l'R-Commander. Estadística aplicada a la medicina amb programari lliure. (català)
Manuals R del Grup de Bioestadística i Biomatemàtica del Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques de la Universitat de Lleida.
Statistical Analysis: an Introduction using R (Viquillibre). (anglès)
R para principiantes per Emmanuel Paradis i traduït per Jorge A. Ahumada. (castellà)
An introduction to R per Longhow Lam. (anglès)
Introduction à R per Julien Barnier. Per les persones que no necessàriament tenen una gran experiència en informàtica. (francès)
Cookbook for R per Winston Chang. Vídeos de dos o menys minuts que mostren diverses característiques bàsiques de R. (anglès)
Introduction to Probability and Statistics Using R per G. Jay Kerns. (anglès)
An Introduction to R per WN Venables, DM Smith i el R Core Team. Manual imprescindible per on començar a buscar qualsevol mena de dubte, però té un nivell més avançat que els anteriors. (anglès)

Enllaços externs

Grup de Bioestadística i Biomatemàtica del Departament de Ciències Mèdiques Bàsiques de la Universitat de Lleida. Molt de material docent i de molta qualitat de les assignatures de Bioestadística.
R Materials per Xavier Fernández i Marín. Els enllaços indispensables a guies, ajudes, material i paquets.
RUGBCN Lloc del grup d'usuaris de R de Barcelona. Notícies, comentaris, codi i molt més.
Comunidad R Hispano Wiki de la comunitat hispana. (castellà)
Resources to help you learn and use R de la Universitat de Califòrnia, Los Angeles. Molts exemples pràctics amb el codi corresponent. (anglès)
R Tutorials per William B. King, Coastal Carolina University. Molts exemples pràctics amb el codi corresponent. (anglès)
Curso básico de R pàgina web d'un curs de la UB amb molts enllaços sobre el R(castellà)
R Wiki. El Wiqui de R. Molt útil. Inclou codi amb exemples. (anglès)
R-bloggers: R news and tutorials contributed by (393) R bloggers. (anglès)
Alea {R et statistique en sciences sociales } per Julien Barnier. (francès)
Statistiques avec R per Vincent Zoonekynd. (francès)
Statistics with R per Vincent Zoonekynd. (anglès)
R tutorial per Chi Yau. (anglès)
R Tutorial Series per John M Quick. (anglès)
Quick-R per Robert I. Kabacoff. (anglès)

Referències